Mehr Durchblick bei Steuerprüfungen: Was müssen Unternehmen beachten?

Überblick und Rechtsgrundlagen

Was dürfen die Finanzbehörden?

Bei Betriebsprüfungen können Finanzbehörden

• am Firmenrechner in den Räumlichkeiten der Unternehmen selbst recherchieren,
• eine Auswertung der Daten durch das Unternehmen verlangen
• oder eine Kopie der Daten einholen und diese im Amt begutachten.

Grundlage für die Buchführung bilden die §§ 146, 147 ff. der Abgabenordnung (AO). Die Finanzverwaltung konkretisierte die Anwendung der obigen Rechtsgrundlagen in Form eines BMF-Schreibens vom 28. November 2019 "Grundsätze zur ordnungsmäßigen Führung und Aufbewahrung von Büchern, ‎Aufzeichnungen und Unterlagen in elektronischer Form sowie zum Datenzugriff (GoBD)" mit Aktualisierung vom 11. März 2024 und 14. Juli 2025. Die Neufassungen sind gültig seit dem 1. April 2024 bzw. dem 14. Juli 2025. Das BMF-Schreiben stellt zwar keine verbindliche Rechtsgrundlage für den Steuerpflichtigen dar; es empfiehlt sich jedoch dieses zu beachten, um Konflikte während der Steuerprüfung zu vermeiden.

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Welche Arten von Steuerprüfungen gibt es?

Allgemeine Steuerprüfung

Die digitale Steuerprüfung beinhaltet neben der regulären (turnusmäßigen) Außenprüfung in den Bereichen Einkommensteuer, Körperschaftsteuer, Gewerbesteuer, Umsatzsteuer und Lohnsteuer (vereinfacht Betriebsprüfung), unter anderem auch Sonderprüfungen. Die Außenprüfung befasst sich mit vielen verschiedene Sachverhalten, wohingegen sich die Sonderprüfung (wie beispielsweise bei der Lohnsteuer oder der Umsatzsteuer) meist auf aktuelle oder spezifische Sachverhalte konzentriert.

Während Außenprüfungen im Regelfall nach einer Ankündigung stattfinden, wird eine sog. Nachschau (in den Bereichen Umsatzsteuer, Lohnsteuer und Kasse) meist unangemeldet durchgeführt.

Welche Nachschauen werden unterschieden?

• Die Umsatzsteuer-Nachschau (geregelt in § 27b UStG) ist für Teile eines Besteuerungszeitraums oder abgegrenzte Sachverhalte (wie beispielsweise Vorsteuererstattungen oder umsatzsteuerfreie Leistungen) möglich.
• Die Lohnsteuer-Nachschau (gem. § 42 g EStG) befasst sich mit der korrekten Abführung der Lohnsteuer (beispielsweise zur Überprüfung von Minijobs, Reisekosten oder Sachbezüge).
• Die Kassen-Nachschau wird zur Überprüfung der Ordnungsmäßigkeit der Kassenführung durchgeführt.

Bei sämtlichen Außenprüfungen und Nachschauen darf die Finanzbehörde auf Ihre digitalen Daten zugreifen. Gerade im Bereich der Kassen-Nachschau sowie der Lohnsteuerprüfung sind definierte Schnittstellen einzurichten, um dem Prüfer den Datenexport zu ermöglichen.

Für weitere Informationen zu Schnittstellen im Lohnbereich , zur Kassen-Nachschau , zur Umsatzsteuer-Nachschau sowie für Außenprüfungen mit Bezug zu anderen Staaten verweisen wir auf die entsprechenden Verlinkungen im Downloadbereich.

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Wer wird geprüft und wie oft?

Eine Außenprüfung ist unter anderem gem. § 193 AO zulässig bei Steuerpflichtigen, die

• gewerblich,
• land- und forstwirtschaftlich oder
• freiberuflich tätig sind.

Die Finanzverwaltung teilt Steuerpflichtige, die einer Außenprüfung unterliegen, in Größenklassen ein. Dabei wird zwischen Großbetrieben (G), Mittelbetrieben (M), Kleinbetrieben (K) und Kleinstbetrieben (Kst) entsprechend ihres Umsatzes und Gewinns sowie ihrer Branche unterschieden. Die Zuordnung zu einer Größenklasse bestimmt, wie oft und wie umfangreich das Unternehmen geprüft wird. Auch Soloselbständige und kleine Unternehmen fallen in diese Kategorisierung.

Großbetriebe werden in der Regel fortlaufend geprüft (sog. Anschlussprüfung). Je kleiner der Betrieb, umso seltener wird eine Außenprüfung durchgeführt. Vielmehr entscheiden der Zufall oder Auffälligkeiten im Rahmen der Steuererklärung (wie z.B. Unstimmigkeiten bei Umsatz und Kosten) darüber, ob Sachverhalte eines Unternehmens oder eines Soloselbständigen genauer betrachtet werden müssen.

Die Größenklassen werden von der Finanzverwaltung durch ein BMF-Schreiben bekanntgegeben. Seit 1. Januar 2024 gelten neue Werte. Zum BMF-Schreiben gelangen Sie hier.

Betriebsprüfung umfassen meist einen Zeitraum von drei Jahren. Auch kürzere oder längere Zeiträume sind grundsätzlich denkbar.

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Wie läuft typischerweise eine Betriebsprüfung ab?

Mit Ausnahme der Nachschau wird jede Betriebs- und Sonderprüfung zunächst mit einer sog. Prüfungsanordnung schriftlich angekündigt. Sie enthält Angaben dazu, welche Steuerart und welcher Besteuerungszeitraum geprüft wird. Zudem werden der Beginn und der Ort der Prüfung sowie in der Regel auch der Prüfer genannt.

Das Unternehmen kann auch aufgefordert werden, Unterlagen elektronisch bereitzustellen. Auf der Basis können von Seiten des Finanzamtes auch Prüfungsschwerpunkte genannt werden.

Zwischen Anordnung und Prüfungsbeginn liegen meistens zwei Wochen (bei Großbetrieben in der Regel vier Wochen). Wir empfehlen Ihnen, diese Zeit sinnvoll zu nutzen, damit Rechnungen, Verträge oder weitere steuerliche Unterlagen vorgelegt werden können.

Ein weiterer nicht zu unterschätzender Teil ist die sog. Verfahrensdokumentation, die aus Sicht der Finanzverwaltung (GoBD) jedes Unternehmen vorlegen können muss und von der Betriebsprüfung verlangt werden kann. Sie beschreibt die Abläufe im Unternehmen, wie steuerliche Daten verarbeitet und archiviert werden.

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Zugriff und Vorbereitungshandlungen

Der Betriebsprüfer gelangt an die Daten entweder selbst mittels digitalen Zugriffs auf die EDV-Systeme des Unternehmens bzw. lässt diese durch einen Mitarbeiter des Unternehmens aus dem System generieren oder mittels Überlassung eines Datenträgers vornehmen. Zur Übertragung von Massendaten können auch Steuer-Clouds zum Einsatz kommen.

Wichtig: Schnittstellen

Hierfür bietet es sich an, vor einer anstehenden Außenprüfung seine steuerlich relevanten Daten und Prozesse zu identifizieren und typische Problemfelder zu beseitigen. Vorgaben hinsichtlich einheitlicher digitaler Schnittstellen z.B. im Bereich Lohnsteuer ( DLS ) und Kassenführung ( DSFinV-K ) sind zwingend zu beachten und anzuwenden, weil nach neuester Gesetzeslage Schnittstellenmängel in der Datenbereitstellung die Buchführung im Ganzen in Frage stellen.

Derzeit arbeitet das Bundesfinanzministerium an einer Buchführungsdatenschnittstellenverordnung (DSFinVBV) als Auswirkung des 2023 eingeführten § 147b AO. Mit dieser Neuerung in der Digitalisierung der Außenprüfung sollen standardisierte Schnittstellen festgelegt werden, die für die Übermittlung der Daten zukünftig gelten. Die Verordnung befindet sich derzeit noch im Entwurfsstadium.

Lassen sich in einer anschließenden Analyse gravierende Mängel entweder inhaltlicher oder formeller Art (Buchungsfehler, fehlende Nachvollziehbarkeit der Daten etc.) feststellen, sollten diese alsbald beseitigt werden, weil andernfalls die Gefahr besteht, dass der Betriebsprüfer die Buchführung wegen gravierender Fehler in Ausnahmefällen verwirft und zur Schätzung des Unternehmensergebnisses übergeht.

Weitergehende Ausführungen zum Thema Außenprüfung, insbesondere die Zugriffsarten sowie den Umfang des Zugriffs der Finanzverwaltung samt Hinweisen und Beispielen, können Sie unserem Merkblatt "Steuerprüfungen" entnehmen

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Welche Daten bezieht das Finanzamt außerdem mit ein?

Das Finanzamt prüft nicht nur Daten und Unterlagen, die während der Betriebsprüfung übermittelt bzw. ausgehändigt werden.

Die Finanzbehörde erlangt die zu prüfenden Daten auch im Austausch aufgrund von Meldepflichten (beispielsweise die E-Bilanz). Seit 1. Januar 2023 wurde mit dem Plattformen-Steuertransparenzgesetz (PStTG) eine weitere Mitteilungsverpflichtung geschaffen, nach der Transaktionen, die über eine digitale Plattform ausgeführt werden, durch den Plattformbetreiber an das Bundeszentralamt für Steuern gemeldet werden müssen. Über diese Meldung liegen der Finanzverwaltung Daten von Steuerpflichtigen vor, die ein Abgleich zur Buchhaltung möglich machen.

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Maßnahmen zur Modernisierung von Steuerprüfungen seit 2023

Zahlreiche Neuerungen Ende des Jahres 2022 sollten die Außenprüfung modernisieren. Diese Maßnahmen strebten an, mit den neuen Pflichten für den Betriebsprüfer und den Steuerpflichtigen die Kooperation zwischen Finanzverwaltung und Unternehmen zu stärken. Dem pflichtgemäßen Mitwirken des Steuerpflichtigen auf der einen Seite soll mehr Rechtssicherheit auf der anderen Seite gegenüberstehen. Die Bekanntgabe von Prüfungsschwerpunkten soll dem Steuerpflichtigen die Vorbereitung auf die Außenprüfung erleichtern.

Insgesamt verfolgen die neuen Regelungen ein Ziel: die Außenprüfung zu beschleunigen sowie die Zusammenarbeit zwischen Unternehmen und Finanzamt voranzubringen.

Seit dem 1. Januar 2023 gelten unter anderem folgende Neuerungen:

• Verhandlungen und Besprechungen zwischen dem Unternehmen und dem Finanzamt können auch virtuell durchgeführt werden. Nach Abstimmung gilt dies auch für Zwischengespräche sowie die Schlussbesprechung.
• Im Rahmen einer Erprobung besteht seit dem 1. Januar 2023 befristet bis 30. April 2029 für Steuerpflichtige mit einem Steuerkontrollsystem (Tax-CMS) die Möglichkeit, den Umfang der Außenprüfung einzuschränken. Sofern die Wirksamkeit des Tax-CMS gewährleistet ist, kann das Finanzamt auf Antrag des Steuerpflichtigen Beschränkungen bei der Steuerprüfung verbindlich zusagen.
• Das Finanzamt kann eine Betriebsprüfung anhand von Prüfungsschwerpunkten durchführen (vgl. § 197 Abs. 4 AO). Im Umkehrschluss bedeutet dies aber nicht, dass dadurch der Umfang der Prüfung eingeschränkt wird. Das Unternehmen kann jedoch gezielt die Prüfungsschwerpunkte vorbereiten.

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Welche Maßnahmen kommen seit 2025 zur Anwendung?

Seit Anfang 2025 greifen weitere Maßnahmen, die die Betriebsprüfung beschleunigen, den Ablauf durch digitale Maßnahmen vereinfachen und dem Steuerpflichtigen somit mehr Rechtssicherheit bieten. Im Gegenzug fordert die Finanzverwaltung mehr Mitwirkungsbereitschaft und kann bei fehlender Kooperation auch Strafzahlungen festsetzen.

Für Steuern, die nach dem 31. Dezember 2024 entstehen, gelten unter anderem folgende Neuerungen:

• Für Unternehmen, die steuerlich beraten werden, soll die Prüfungsanordnung bis zum Ende des Kalenderjahres erlassen werden, das auf das Jahr folgt, in dem der Steuerbescheid wirksam geworden ist (vgl. § 197 Abs. 5 AO).
• Die Dauer der Betriebsprüfung wird auf fünf Jahre nach Ablauf des Kalenderjahres, indem die Prüfungsanordnung bekannt gegeben wurde, verkürzt (sog. Ablaufhemmung, vgl. § 171 Abs. 4 AO). Ausnahmen wie eine Unterbrechung oder eine Mitwirkungsverzögerung können zu Abweichungen führen.

Für Steuern, für die ab dem 1. Januar 2025 eine Prüfungsanordnung ergeht, gelten unter anderem folgende Neuerungen:

• Es gibt die Möglichkeit, aufgrund von bindenden Teilabschlussbescheiden mehr Rechtssicherheit zu erlangen (vgl. § 180 Abs. 1a AO). Dies gilt für abgrenzbare Besteuerungsgrundlagen sowohl auf Antrag des Steuerpflichtigen als auch durch die Finanzverwaltung. Der Teilabschlussbescheid sowie, bereits seit 2023 auch der Prüfungsbericht, können auch elektronisch ergehen.
• Mit § 200a AO wird das sog. qualifizierte Mitwirkungsverlangen eingeführt. Dieses ist binnen eines Monats nach der Aufforderung zu erfüllen. Es kann allerdings erst nach Verstreichen von sechs Monaten nach Bekanntgabe der Prüfungsanordnung ergehen. Zudem kann ein Mitwirkungsverzögerungsgeld festgesetzt werden.
• Die Anzeige- und Berichtigungspflicht wird ausgeweitet. Sachverhalte von (unanfechtbaren) Prüfungsfeststellungen einer Außenprüfung, die auch in anderen übermittelten Erklärungen, die nicht Gegenstand der Außenprüfung waren, enthalten sind, müssen angezeigt und korrigiert werden (vgl. § 153 Abs. 4 AO).

Seit 1. Januar 2025 gilt eine verschärfte Frist zur Vorlage der Verrechnungspreisdokumentationen. Unternehmen müssen diese bereits 30 Tage nach Bekanntgabe der Prüfungsanordnung vorlegen (vgl. § 90 Abs. 4 AO).

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Was gibt es Aktuelles aus der Rechtsprechung?

Der Bundesfinanzhof (BFH) hat sich im Jahr 2025 in mehreren Urteilen mit Themen zu Steuerprüfungen befasst.

Darf die Betriebsprüferin oder der Betriebsprüfer während einer Steuerprüfung auch E-Mails einsehen?

Ja, sofern diese einen steuerlichen Bezug haben. Dies entschied der BFH in einem Urteil vom 30.04.2025. E-Mails können Handels- und Geschäftsbriefe im Sinne von § 147 Abs. 1 Nr. 2 und Nr. 3 der Abgabenordnung (AO) sein. Die Finanzverwaltung darf folglich sämtliche E-Mails mit steuerlichem Bezug anfordern, wie beispielsweise den Vorgang zur Festlegung und Dokumentation eines Verrechnungspreises. Die Anforderung ein Gesamtjournal über sämtliche E-Mails, auch ohne steuerlichen Bezug, bereitzustellen, ist hingegen mangels Rechtsgrundlage nicht zulässig.

Darf die Betriebsprüferin oder der Betriebsprüfer die Besteuerungsgrundlagen schätzen?

Ja, soweit die Finanzverwaltung die Besteuerungsgrundlagen nicht ermitteln oder berechnen kann. Gemäß § 162 AO liegt dies insbesondere vor, wenn das Unternehmen keine Auskunft geben kann oder die Aufzeichnungen zu unvollständig oder fehlerhaft sind. Viel Potenzial für Streitigkeiten zwischen dem Unternehmen und der Finanzverwaltung bieten die angewandten Schätzmethoden. Hier schafft der BFH mit seinem Urteil vom 18.06.2025 nun Klarheit. Der sog. "innere Betriebsvermögensvergleich", bei dem Daten aus dem Unternehmen zur Schätzung verwendet werden, liefert in der Regel zuverlässigere Ergebnisse. Diese sind dem "äußeren Betriebsvermögensvergleich", der häufig anhand der sog. Richtsatzsammlung durchgeführt wurde, vorzuziehen. Mehr zu Richtsätzen finden Sie auf unserer Website zu den Richtsätzen und Pauschbeträgen .

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Kooperation statt Konfrontation

Häufig nennen Unternehmen die Ungewissheit bzw. die Unsicherheit als den schlimmsten Faktor bei Außenprüfungen. Die oben genannten Maßnahmen sind erste positive Schritte, um Betriebsprüfungen für Unternehmen zu erleichtern. Wir empfehlen Unternehmen daher diese Maßnahmen auch zu nutzen.

Die IHK für München und Oberbayern setzt sich bereits seit vielen Jahren für eine verbesserte Betriebsprüfung für Unternehmen ein. In der am 15. Dezember 2023 vom Bayerischen Staatsministerium der Finanzen und für Heimat und den Industrie- und Handelskammern in Bayern unterzeichneten Erklärung wurden nachfolgende Aspekte gemeinsam für die zukünftige Betriebsprüfung entwickelt:

• Die Interessen sowohl der Finanzverwaltung als auch der Unternehmen im Blick haben.
• Kooperative Instrumente im Besteuerungsverfahren ausbauen.
• Steuerliche Außenprüfungen beschleunigen, auch hinsichtlich technischer Möglichkeiten.
• Interne Steuerkontrollsysteme berücksichtigen.
• Verbindliche Zusagen bereits in einem frühen Stadium forcieren.
• Startups und Existenzgründer verstärkt betreuen.

Den vollständigen Letter of Intent finden Sie hier .

Im Rahmen dieses Projekts stehen die bayerischen IHKs im laufenden Austausch mit der Finanzverwaltung in Bayern. Um weiterhin Problemfelder und Feedback zu praktischen Erfahrungen bei Außenprüfungen geben zu können, freuen wir uns über aussagekräftige Rückmeldungen aus der Unternehmenspraxis unter steuern@muenchen.ihk.de.

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Hinweis

Die Informationen und Auskünfte der IHK für München und Oberbayern sind ein Service für ihre Mitgliedsunternehmen. Sie enthalten nur erste Hinweise und erheben daher keinen Anspruch auf Vollständigkeit. Obwohl sie mit größtmöglicher Sorgfalt erstellt wurden, kann eine Haftung für ihre inhaltliche Richtigkeit nicht übernommen werden. Sie können eine Beratung im Einzelfall (z. B. durch einen Rechtsanwalt, Steuerberater, Unternehmensberater etc.) nicht ersetzen.